Embora a característica do amor à Igreja esteja presente em várias escolas de espiritualidade, cada uma delas tem sua coloração específica. A escola de espiritualidade de Sta. Faustina percebe a Igreja como um dom da misericórdia de Deus, um dom extremamente rico, porque é um lugar de comunhão de vida do Criador e Salvador com o homem. Nos seus escritos, a imagem da Igreja aparece frequentemente como Mãe, que por natureza é caracterizada pelo amor misericordioso pelas crianças, e como imagem do Corpo Místico de Cristo, onde cada membro vive em unidade com a Cabeça e com os outros membros.
Não apenas pelo espírito de fé, mas também por inúmeras visões e experiências místicas, a Irmã Faustina teve a oportunidade de descobrir que a Igreja é a comunhão da vida humana com Deus, o espaço de Sua presença viva. Quando mergulhei em oração, fui transportada, em espírito, à capela e vi Jesus exposto no ostensório – anotou no “Diário” – no lugar do ostensório, vi a face adorável do Senhor, que me disse: O que tu estás vendo na realidade, estas almas vêem pela fé (D. 1420).
A manifestação da misericórdia de Deus para a Irmã Faustina não estava apenas na própria fundação da Santa Igreja, na presença viva de Deus nela, mas também na Sua ação em relação ao homem, especialmente através da palavra que ilumina e através dos sacramentos, pelos quais Deus concede várias graças necessárias para a vida sobrenatural. Nas invocações da ladainha e outros textos do Diário, a Irmã Faustina escreve diretamente sobre isso, mencionando várias manifestações da grande misericórdia de Deus tais como santo batismo, a justificação de Jesus Cristo, o dom da vida imortal, a possibilidade de conversão, os sacramentos, pelos quais Jesus concede Sua graça para cada momento da vida… (D. 949, 1286 e outros).
Para a Irmã Faustina, a misericórdia se manifesta na Igreja também na concessão da santidade de Deus às criaturas. Somente Deus é santo e Sua santidade é tão grande que todos os espíritos celestes tremem diante dela, submergem em permanente adoração e dão glória clamando: Santo, Santo, Santo… (D. 180). Esta santidade de Deus – como escreve a Irmã Faustina – derrama-se sobre a Sua Igreja e sobre toda a alma que nela vive, embora nem sempre com a mesma intensidade. Existem almas inteiramente divinizadas, porém há também outras que somente vivem (D. 180). A própria possibilidade de transformação de vida, aperfeiçoando-a por meios sobrenaturais, o convite para comunhão de vida com Deus, a oportunidade de participar mais plenamente da vida de Jesus e de Sua missão foram vistas pela Irmã Faustina como grandes presentes da misericórdia de Deus, que o homem recebeu não por seus méritos, mas somente pelo amor misericordioso de seu Criador e Salvador. Vendo este grande amor de Deus na Igreja, ela podia confessar com toda sinceridade do seu coração: Que alegria ser um filho fiel da Igreja (D. 481). Tal visão da Igreja despertou nela um espírito de gratidão a Deus e a mobilizou para o alcance de uma santidade cada vez maior.