O coração do Santuário da Divina Misericórdia em Cracóvia, no bairro Łagiewniki, é a capela do convento com a imagem milagrosa de Jesus Misericordioso e o túmulo de Santa Faustina. Esta pequena igreja foi construída no complexo do convento da Congregação das Irmãs de Nossa Senhora Mãe de Misericórdia e foi consagrada e dedicada a São José em 1891. Inicialmente serviu apenas às irmãs e suas educandas. Este lugar testemunhou orações e graças extraordinárias (incluindo aparições de Jesus e da Virgem Maria) recebidas pela Apóstola da Divina Misericórdia. Com a sua morte, a mensagem da Divina Misericórdia foi depositada neste local, conforme a vontade de Cristo, para ser transmitida à Igreja e ao mundo inteiro. Por isso, o Santuário de Łagiewniki tornou-se a capital do culto à Divina Misericórdia de onde essa mensagem se espalha para o mundo todo e para onde povos de todos os continentes fazem as peregrinações, pedindo e recebendo muitas graças, como evidenciado por numerosas oferendas votivas colocadas em quadros ao redor da capela.
No altar lateral do lado esquerdo da capela, encontra-se a imagem milagrosa de Jesus Misericordioso, pintada por Adolf Hyła e abençoada pelo Pe. Józef Andrasz, (diretor espiritual da Irmã Faustina em Cracóvia) em 16 de abril de 1944, no primeiro domingo após a Páscoa. Cópias e reproduções desta imagem se espalharam por todo o mundo e nela se cumpriram as palavras de Jesus proferidas à Irmã Faustina em sua primeira aparição: Desejo que essa Imagem seja venerada primeiramente na vossa capela e depois no mundo inteiro (D. 47).
Abaixo dessa imagem, no altar , encontra-se um pequeno caixão de mármore branco com as relíquias de Santa Faustina e uma parte delas foi colocada em um genuflexório de mármore em frente ao altar para que os peregrinos possam venerá-la de forma mais acessível e pedir sua poderosa intercessão junto à Divina Misericórdia.
No altar principal encontra-se uma a imagem de Nossa Senhora Mãe de Misericórdia – padroeira da Congregação, e nas naves laterais desse altar estão as imagens de São Estanislau Kostka – padroeiro da juventude, e de Santa Maria Madalena – padroeira dos penitentes. No altar lateral do lado direito está a imagem de São José com o Menino Jesus. Desde o início ele foi o padroeiro principal desta capela e de toda a propriedade, que antigamente, em sua honra, era chamada de “Józefów” ou seja “terra de Jóse”. Nas paredes laterais encontram-se as pinturas de Santa Faustina (obra de Helena Tchórzowska), São Inácio – padroeiro da Congregação, e o Beato Padre Michał Sopoćko – diretor espiritual de Santa Faustina.
Em 1968, o Cardeal Karol Wojtyła incluiu a capela dedicada a São José na lista de Santuários da Arquidiocese de Cracóvia, devido ao túmulo da Serva de Deus Irmã Faustina, que era visitado por inúmeros peregrinos. No dia 1 de novembro de 1992, o Cardeal Franciszek Macharski, arcebispo de Cracóvia, emitiu um decreto oficial elevando essa capela à categoria de Santuário da Divina Misericórdia.
