No Santuário de Łagiewniki, encontra-se um dos cemitérios mais antigos de Cracóvia – o cemitério conventual, fundado no final do século XIX, situado no antigo jardim da Congregação das Irmãs de Nossa Senhora Mãe da Misericórdia. Nele estão enterrados os corpos das irmãs, capelães, educandas da Congregação e pessoas ligadas ao convento de Łagiewniki. Durante 28 anos, os restos mortais de Santa Faustina também foram enterrados neste cemitério. Aqui estão enterradas, entre outras, a Superiora Geral M. Michaela Moraczewska, a Irmã Kaliksta Piekarczyk, que ofereceu sua vida pela salvação de Cracóvia durante a Segunda Guerra Mundial, a Irmã Ksawera Olszamowska, que ofereceu sua vida para estabelecer a festa da Divina Misericórdia na Igreja e propagar a mensagem a Misericórdia, bem como outras irmãs que dedicaram suas vidas a diferentes intenções. O cemitério conventual, do lado sul, faz fronteira com a basílica do Santuário de Łagiewniki e é frequentemente visitado por peregrinos. Já do lado leste, atrás da basílica, há um cemitério da Primeira Guerra Mundial. Não há sepulturas individuais aqui, mas há uma grande cruz e um obelisco com uma placa que diz que aqui estão enterrados 266 soldados de 15 países europeus. Durante a Primeira Guerra Mundial, uma parte da propriedade do convento foi ocupada para abrigar um grande hospital militar com mais de 1000 leitos. Ele também estava localizado em várias barracas onde soldados de diferentes nacionalidades doentes de tifo, cólera, disenteria, varíola e escarlatina eram tratados, ou seja, doenças contagiosas. Alguns soldados não sobreviveram e morreram neste hospital, sendo, portanto, enterrados no cemitério atrás do muro do convento.